Ahoj.
Mam uplne stejny programator, takze to delam tak.
5V z programatoru zasadne nikdy nepouzivam. USB port totiz dokaze dodat maximalne 500mA a pokud v zapojeni uC udelas chybu a mas tam zkrat odpalis nejen programator ale vetsinou i USB port, takze to se opravdu nevyplati.
Takze uC je napajeny externe a programator ma pripojeny krome MISO, MOSI, SCK a reset pouze GND, aby byly zarizeni na stejnem potencialu.
Pokud mas ovsem nejaky board, do ktereho davas uC pouze pro naprogramovani a nejsou tam zapojeny zadne dalsi periferie, nebo jsi si jist, ze je to bezpecne, klidne muzes 5V z programatoru pouzit.