Třeba tady máš odkaz, kde je popis, jak řídit ten 4 pinový ventilátor - PWM.
pavouk.org/hw/fan/fan4wire.html
Pokud chceš řídit klasický 3 nebo 2 vývodový typ, musíš použít tranzistor na jejich buzení. Např. tady:
pavouk.org/hw/fan/regul.html
Co se týká kondenzátorů ve zdroji za diodovým můstkem, jsou to základy elektroniky, které si musíš nastudovat. Ale obecně platí, že napětína sekundáru trafa x 2 je výsledné minimální napětí na kondenzátoru. Např. pro 12V na trafu je lépe mít kondenzátor na 25V.