Pokud chceš nahrávat přes USB, příklad třeba zde fischl.de/avrusbboot/ , asi 5 sekund na googlu. Nezkoušel jsem. Bootloader je program, který musíš nahrát klasicky přes extreme burner a ISP jednou, potom to půjde přes to USB. Pro nahrávání přes USB už není potřeba žádný programátor, pouze program, který to pošle do uC (prakticky každý terminál). Program přeložíš ve svém prostředí (Atmel Studio, Eclipse atd) a výsledný soubor tam nahraješ. Ve výše uvedeném příkladě musíš přehodit jumper aby se spustil bootloader a po nahrání ho přehodíš zpět. Booloader výše uvedený yabírá 1k paměti, což se vleze skoro všude.