Ideálně navzorkuj obe sinusovky současně do paměti a pak spocitej korelaci k sin a cos stejne frekvence a pak spočitej fázi. Nevím proč Tě zajímá možnost přeportovat ARDUINO na nějakej jinej ARM, když v prvním příspěvku si arduino pohanil. Nejspiš to jde, ale určitě to nestojí za to. STM32 má vlastní bootloader, tak co řešíš. Nejsem si jist jestli Ti rozumím, ale MAPLE je snad nejakej HW, takže tam těžko dáš jinej procesor, snad s vyjímkou stejné řady se stejně rozloženýma vývodama s větší pamětí a pod. Porovnej si STM32F procesory, třeba to pujde…