atmega16 portA

Jakmile některý z pinů připojíš na AD převodník (ADMUXem), tak se odpojí od výstupního registru. U pinů, které používáš na AD převodník je třeba přepnout piny jako vstupní bez pull-upu, protože když zrovna není připojen k AD převodníku, funguje jako normální IO pin. Tím zároveň odpovídám na Tvojí druhou otázku, jestli lze ostatní piny využít jako IO.