Jo děkuji za ty rady s tím ukládáním. Zkusím to přehodit a nahrát do megy a uvidím co bude na vystupech.
Ještě jsem tam našel pár chyb tak jsem to dneska trochu překopal tak uvidím co s toho vyleze 
Nevracel jsem hodnotu OCR0. Doplnil jsem ADLAR na 0. V te funkci ADC jsem dal vynulování flagu ADIF
ADCSRA |= (1 << ADIF);
Dneska jsem udělal nový plošnák at tam mám i ten pin OC1A, který budu používat jako PWM vystup.