Podle datasheetu to chápeš správně, nicméně mě napadá otázka, jak souvisí rozmístění signálů na pinech displeje s použitým procesorem ? V odkazu je naprosto přehledné schéma a pokud chceš dělat něco kolem elektroniky (to se netýká jenom procesorů, ale obecně), tak přinejmenším číst schémata je základní věc, kterou bys měl ovládat. A pokud chceš něco i postavit, tak musíš umět schémata nejenom číst, ale i vytvářet.
Ale vraťme se k dotazu :
#define RS RD2
#define EN RD3
#define D4 RD4
#define D5 RD5
#define D6 RD6
#define D7 RD7
Když porovnáš schéma s definicema jmen signálů v programu, tak zjistíš, že vlastně definice jmen pro program MCU odpovídá připojení signálů LCD displeje, tedy že signál EN na displeji je připojen na bránu D, bit 3 procesoru. Ostatní signály také, takže vlastně jsi programu popsal připojení displeje k MCU.