Mám hodně zkušeností s RFM12BP.
Viz: http://forum.mcontrollers.com/t/radiovy-transceiver-rfm12bp/3460/1 doporučuji stáhnout a přečíst - hlavně instrukční sadu a vzory zdrojových kódů.
Pro začátek bych požádal o uploadování schématu. MCU je taktován z rádiového modulu ? A za druhé napiš sem, jak máš inicializované SPI a jak přesně odesíláš konfigurační slova do modulu (prostě sem zkopíruj tyto části kódu)